国家蛋白质科学研究（上海）设施（以下简称“蛋白质设施”）是国家“十一五”规划建设的国家重大科技基础设施项目，是全球生命科学领域首个综合性的大科学装置。 蛋白质设施主体位于上海市张江科学城，分为海科路园区和位于上海同步辐射光源的“五线六站”两个部分，总建筑面积为3.3万平方米。蛋白质设施于2008年经国家发改委批复，2014年建成并开放试运行，2015年通过国家验收正式开放运行。 蛋白质设施的目标是建设国际一流的蛋白质科学研究体系和成为我国蛋白质科学及技术发展的重要创新基地。主要任务包括：开展蛋白质科学相关研究；研究蛋白质的多尺度时空结构；分析蛋白质修饰和相互作用；阐释蛋白质与化学小分子之间的相互作用；研究蛋白质相关的计算生物学与系统生物学；大力发展蛋白质研究的新方法和新技术学；结合创新药物的发展，研究蛋白质药物靶标的功能活动的结构特征等。 蛋白质设施按功能划分，主要分为九大技术系统，包括自主研制的自动化蛋白质制备系统、蛋白质结构与动态分析系统（俗称“五线六站”，即蛋白质复合物、微晶体、高通量晶体结构实验站构成的晶体结构分析系统和X射线小角散射、时间分辨红外谱学、红外显微谱学与成像实验站构成的蛋白质动态分析系统）、900兆核磁为主的兼顾液态和固体样品的蛋白质核磁共振分析系统、300KV电镜为主的集成化电镜分析系统、系列质谱组成的蛋白质修饰与相互作用分析系统、超高分辨率显微镜等组成的复合激光显微镜系统、动物系统和数据库与计算分析系统等九个研究系统。九大技术系统各项指标均达到项目设计的性能指标，部分指标达到国际领先水平。 蛋白质设施依托设施九大技术系统全力推进新技术突破，整合型结构生物学，以及蛋白质从头设计和应用，在不断创新中实现跨越和发展。蛋白质设施将聚焦世界科技前沿领域，充分发挥大科学设施平台效能，打造中国结构生物学数据库（PDB China），全面支撑我国蛋白质科学研究工作和生物医药相关领域产业发展。