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转录组广义上指某个物种或特定细胞在某一生理条件下产生的所有的RNA，包括mRNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA等，狭义上指所有mRNA的集合。转录组是研究细胞表型和功能的重要手段。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。转录组测序是指利用第二代高通量测序技术进行cDNA测序，全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。相对于传统的基因芯片技术而言，转录组测序无需预先设计探针，即可对任意物种的任意细胞类型的转录组进行检测；能够提供更精确的数字化信号，更高的检测通量以及更广泛的检测范围，是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。
有参考基因组的转录组研究，推荐选用Illumina测序平台，测得数据经过质控后mapping至参考基因组；对mapping到基因上的reads进行计数，计算基因的表达量后，进行基因表达差异及差异基因功能富集等分析。另外依据参考基因组，可进行诸如基因覆盖度、测序饱和度等验证性分析；可变剪切分析以及联合miRNA数据进行关联分析等高级分析。针对人、小鼠等模式生物，还可以进行蛋白网络构建等分析，深入研究基因功能，进一步揭示基因间互作网络等信息，为研究网络调控机理提供方向。
无参考基因组的真核生物转录组项目使用Illumina测序平台，获得测序原始数据后，首先进行质控拼接，并进一步对拼接所得转录本进行功能注释、SNP、SSR标记开发等分析。在此基础上，也可以进行多个样本的差异基因表达分析和差异基因功能富集分析等，用于发现功能基因，为下一步研究提供方向。
上海美吉生物医药科技有限公司（以下简称：美吉生物）成立于2009年，总部坐落于上海国际医学园区，在北京、广州、武汉、重庆、成都等地设有办事处。 美吉生物是国家专精特新“小巨人”企业，自有NovaSeq X Plus 、NovaSeq 6000、NextSeq 2000、Miseq、PacBio Sequel IIe、10x Genomics Chromium Controller & Chromium X、M20 Genomics、DNBelab C4、Pannoramic MIDI、Orbitrap Astral、Orbitrap Exploris 480、timsTOF Pro2、SCIEX QTRAP 6500+、AFAI-MSI等全面高端的组学仪器，获得CNAS、ISO9001、ISO 14001、ISO 45001、AAA等重量级资质认证，拥有自主知识产权253项，获批各类专利66项，承担各级科研项目20余项。 美吉生物深耕科研服务15年， 集微生物组学、单细胞组学、基因组学、转录组学、蛋白组学、代谢组学、空间组学等多组学科研服务于一体,为广大科研工作者提供一站式组学无忧解决方案的服务，目前已与5000余家单位建立了合作。 美吉生物的一站式组学无忧解决方案，定位于组学科研全场景，为科研人提供无忧做好科研的必备技能和科研工具，通过一站式全场景科研要素服务，极大加速了科研进程和成果产出。2023年，仅1至10月，发表文章数已高达2647篇，影响因子已高达21019.2分,平均文章影响因子8.0分。其中，10分以上的文章676篇，8分以上的文章1153篇。 无忧做组学，选美吉生物！我们期待与您一起创造更多的研究成果！
