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技术简介
在有限的细胞核空间中，基因组的大部分是紧密折叠的，仅留下需要转录的部分是开放的。活化的调控序列上结合有转录因子，转录因子会招募其他蛋白启动基因转录。人体内有些基因几乎一直处于开启状态，有些基因用过之后就被闲置在一边，它们的活性都处于严格的调控之下。因此，人们有巨大的兴趣来确定一个给定的细胞类型中哪些基因组区域是有活性的。美国斯坦福大学的 Howard Chang 开发一种被称作 ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing），利用高通量测序技术检测转座酶易接近染色质的技术。ATAC-seq 只需要很少的细胞就能鉴定基因组中所有活跃的调控序列。在 ATAC-seq 技术中，DNA 探针（作为转座子发挥作用）通过酶促反应（转座酶 Tn5）被整合到基因组的开放区域，然后通过测序来鉴定这些区域。
技术应用
通过 ATAC-seq 技术我们可以获得在该特定时空下细胞基因组中所有的处于松散状态的核酸序列，真核细胞通过将基因组 DNA 与组蛋白进行不同层次的折叠组装成染色质，这些精密组装信息在基因转录调控中起决定性作用。染色质区域的可接近性是特异性反式作用因子和顺式调控元件相互作用的前提。结合 ATAC-seq 技术与 RNA-seq 技术便可以分析出所有活跃转录的调控序列，这为研究其上游的转录因子提供了重要的指导。
伯豪优势
伯豪自研组织保护液，保证长途运输的细胞活性；
伯豪生物自研 ATAC-seq 细胞保护液和 ATAC-seq 组织保护液，保证 48 hours 长途运输的细胞活性；
成熟的单细胞悬液制备技术，细胞活性在 90% 以上；
严格控制线粒体污染率低于 5%；
专业的生物信息分析，可提供多种个性化的实现方案。
样本要求
样本类型： 新鲜细胞，数量为 1×103 – 105；
新鲜组织，质量为 50mg/ 份；
测序模式：illumina Hiseq PE150；
推荐数据量：≥10Gb/ 样本。
数据分析
案例展示
案例：对人类精原干细胞中 DNAme，染色质和转录分析进行多组学分析
研究背景
发育生物学（Developmental biology）是对于生物体生长和发育过程的研究。发育生物学研究基因对细胞生长，分化和形态发生（Morphogenesis）的调控，这些过程使生物体形成组织和器官。
在 20 世纪中，许多与胚胎发育有关的分子都被定义出来。转录因子（transcription factors）是细胞中基因表现的关键调控者。在不同的细胞中，如上皮细胞、肌肉细胞、神经细胞等，因为转录调控而有不同的蛋白质表现。转录因子受到细胞核外，讯息传递路径（signaling transduction pathway）的影响。讯息传递路径通常包括了受体（receptor）和它的配体（ligand），并有其他酵素，如蛋白激酶（protein kinases）介入。
文章探究了人类精原干细胞（hSSCs）的 DNA 甲基化（DNAme），染色质和转录状态，以了解转录，信号和代谢状态在 hSSC 分化过程中的转变。这篇文献不仅可以作为发育研究的参考文献，还可以作为联合 ATAT-seq、WGBS、RNA-seq 的参考文献。
研究思路
实验材料：健康成年人的 5 个睾丸样本
关键技术
ATAC-seq（SSEA4+ SSCs 或培养 ESCs）
组织酶解，MACS 分选 SSEA4+ 或 c -KIT+ 细胞
单细胞转录组测序和大量细胞转录组测序
全基因组重亚硫酸氢盐测序（SSEA4+ 细胞）
作者发现 hSSC 具有独特的 DNA 甲基化和开放染色质景观，同时发现开放的染色质富含激素受体的结合位点和潜在的先驱因子，这可能会激发 hSSCs 的激素反应。最重要的是，单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）分析揭示了从 hSSCs 向分化 c -KIT + 过渡期间存 4 种不同的细胞状态，描绘了 hSSCs 潜在的发育轨迹，即 hSSC 从静止到增殖，代谢活跃、到分化为精原细胞的 4 种细胞状态。此外，还使用免疫荧光直接可视化 scRNA-seq 鉴定的差异表达基因子集的蛋白质表达，原位验证了关键基因组学发现。
参考文献
Guo J, Grow E J, Yi C, et al. Chromatin and single-cell RNA-seq profiling reveal dynamic signaling and metabolic transitions during human spermatogonial stem cell development[J]. Cell Stem Cell, 2017, 21(4): 533-546. e6.
上海伯豪生物技术有限公司（以下简称“伯豪生物”）2008年12月成立，是一家以科技服务、疾病与健康检测、分子检测产品的开发和生产为主营业务的高新技术企业。公司形成了面向科研和临床的系统技术服务平台，提供全基因组测序、生物信息分析、标志物筛选和分子检测验证、基因功能验证科研一站式服务，同时提供试剂盒开发、生产以及检测应用的转化医学的临床一站式服务。伯豪生物携手各参控股子公司重庆伯豪医学检验所(临床医学检测专业子公司）、伯豪医药（医疗器械经营专业子公司）和迅伯生物（产品研发和GMP生产专业子公司）共同开启“专业服务成就科学发现，产业布局构筑精准医学”的新篇章。 公司于2011年12月6日获得高新技术企业认定。2012年3月获批浦东新区企业研发机构。公司拥有自主知识产权的发明专利、实用新型专利和应用于芯片、新一代测序等数据分析的软件著作权专利（其中发明专利6项，实用新型专利2项，软件著作权25项，正在申请专利7项）。目前，公司拥有六大服务平台：生物样品分析平台、微阵列芯片平台、新一代测序平台、生物标志物平台、分子检测平台、生物信息平台，凭借高标准的技术平台和多样化的服务等竞争优势，公司向国内外企业和相关单位提供系统的生物学研究全面解决方案。上海伯豪为多达18家跨国制药企业（包括排名前10位的跨国制药企业）和超过3000家的国内科研机构、医院等提供基因表达谱、基因分型、比较基因组学、DNA甲基化、miRNA、生物标志物筛选及确认、生物信息等技术服务。公司拥有一支以上海为基础，辐射全国的强大市场营销队伍和销售网络，已设立华北、华南、华东三个大区十四个办事处，推广公司的主导技术服务、代理产品，快速提升公司品牌的知名度，扩大影响力。过去10年承接项目数超过15000个，用户单位3000家以上，协助客户发表SCI论文1400余篇（平均IF5），全面推动了中国基因组学服务产业的发展。公司的系统化技术平台和高质量的服务体系得到了广大客户青睐和合作伙伴的度评价和认可。公司通过了ISO 9001:2008质量体系认证，采用SOP（Standard Operation Procedure）规范操作文件来控制样本品质、检测品质和数据结果品质，目前已建立了SOP管理文件128个。公司于2012年获得诺华优秀服务供应商奖，公司是Affymetrix公司在中国第一家认证的服务提供商，是Illumina NGS认证服务供应商，还是Agilent公司和ABI公司在国内唯一认证的服务提供商，并先后被授予“Agilent公司亚太区最佳服务供应商”、“Affymetrix公司优秀服务商”称号。上海伯豪将持之以恒地利用高端的现代化仪器设备、多项成熟完善的技术平台、高素质的技术团队、国际水平的商业化服务流程、积极进取的经营理念，为广大客户提供持续、高效和稳定的技术支持和服务。
