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技术简介
对于真核生物来说，在具备参考基因组的情况下，基于 Illumina HiSeq 平台的 mRNA 测序能够快速获得基因表达谱；基于测定的序列可以同时对 cSNP、可变剪接等转录本的序列及结构信息进行精确地分析；另外对于检测低丰度转录本和发现新转录本具有其独特的优势。
伯豪优势
样本处理：超过 200 种样本的 RNA 抽提经验；易降解样本、微量样本的抽提解决方案；
文库构建：兼容组织、细胞、FFPE、血浆、外泌体等特殊样本的建库能力；
质控管理：ISO9001 认证，Illumina CSPro 认证；
数据分析：学术界权威的算法和流程；针对 mRNA、lncRNA 和 circRNA 的全面分析；灵活的定制分析。
服务流程
实验设计——样本取材——RNA 抽提——polyA 富集——文库构建——测序——数据分析
样本要求
样本类型：total RNA
样本总量：>=2μg
样本浓度：>=50 ng/ul
分析流程
案例展示
案例一
研究背景
玉米是世界第一大粮食产量作物。据国家统计局最新数据，2017 年全国粮食总产量 12358 亿斤，其中玉米达 4318 亿斤，占据了粮食总产三分之一强。可见，玉米在我国的粮食安全中具有举足轻重的作用。玉米胚乳是主要的营养储存组织，是发育高度分化的组织。但是目前胚乳发育和营养代谢的调控网络仍然不是很清楚。
研究结果
宋任涛教授以玉米经典籽粒突变体 opaque11 为研究对象，通过图位克隆，发现 O11 编码了胚乳特异的 bHLH 转录因子。通过 RNA-Seq（上海伯豪提供）与 ChIP-Seq 分析，全面解析了 O11 的下游调控网络。结果发现 O11 不仅直接调控胚乳发育和营养代谢的关键转录因子，还直接调控 cyPPDKs 和多种碳水化合物代谢酶。研究筛选和鉴定到多个与 O11 直接互作的蛋白，其中 ZmICE1 和 O11 协同调控冷胁迫应答相关的基因以及植物发育中重要信号开关 ZmYODA。此外研究还发现，O11 作为关键调控因子，协调了胚乳细胞发育、储藏物代谢和逆境响应等生物学过程，是胚乳整体基因调控网络的核心调控节点。
参考文献
Fan Feng, Weiwei Qi, Yuandan Lv. et al. Opaque11 Is a Central Hub of the Regulatory Network for Maize Endosperm Development and Nutrient Metabolism. Plant Cell. 2018.
案例二
研究背景
近年来我国的乳腺癌发病率持续上升，其中三阴性乳腺癌（triple negative breast cancer,TNBC) 是恶性程度较高的一种乳腺癌亚型。TNBC 是指雌激素受体（ER)、孕激素受体（PR) 和人表皮生长因子受体 2(Her-2) 均为阴性。TNBC 侵袭力极强，远处转移风险大，预后极差。目前 TNBC 治疗以化疗为主，手段比较单一，极易复发和转移。与其他类型乳腺癌相比，内分泌治疗和分子靶向治疗对三阴性乳腺癌均无效。因此三阴性乳腺癌的诊断手段和个性化治疗选择是研究人员关注的重要问题。
研究结果
上科院的研究人员通过 RNA-seq(上海伯豪提供）对三阴性乳腺癌（TNBC) 进行转录组学分析。研究发现 IL6 的高度异常表达以及 JAK2/STAT3 的持续活化可能是 TNBC 发生远端转移的重要原因。研究还发现是 Wwox 而非 SOCS3 在 TNBC 发生 IL6/JAK2/STAT3 信号通路持续活化过程起特异性抑制作用。一系列功能实验结果表明 Wwox 是通过与 JAK2 的结合来阻止 JAK2 和 STAT3 的磷酸化，从而降低 STAT3 的活性，进而抑制乳腺癌细胞的增殖和转移。进一步试验表明 Wwox 可以抑制 STAT3 结合到 IL- 6 启动子区域从而抑制 IL- 6 蛋白高表达。该研究首次证明了 Wwox 对肿瘤细胞 JAK2/STAT3 的高磷酸化和持续活化具有较强的抑制作用，Wwox 有望成为 TNBC 个体化治疗的新靶点。
参考文献
Renxu Chang, Lele Song, Yi Xu. et al. Loss of Wwox drives metastasis in triple-negative breast cancer by JAK2/STAT3 axis. Nature Communications. 2018.
上海伯豪生物技术有限公司（以下简称“伯豪生物”）2008年12月成立，是一家以科技服务、疾病与健康检测、分子检测产品的开发和生产为主营业务的高新技术企业。公司形成了面向科研和临床的系统技术服务平台，提供全基因组测序、生物信息分析、标志物筛选和分子检测验证、基因功能验证科研一站式服务，同时提供试剂盒开发、生产以及检测应用的转化医学的临床一站式服务。伯豪生物携手各参控股子公司重庆伯豪医学检验所(临床医学检测专业子公司）、伯豪医药（医疗器械经营专业子公司）和迅伯生物（产品研发和GMP生产专业子公司）共同开启“专业服务成就科学发现，产业布局构筑精准医学”的新篇章。 公司于2011年12月6日获得高新技术企业认定。2012年3月获批浦东新区企业研发机构。公司拥有自主知识产权的发明专利、实用新型专利和应用于芯片、新一代测序等数据分析的软件著作权专利（其中发明专利6项，实用新型专利2项，软件著作权25项，正在申请专利7项）。目前，公司拥有六大服务平台：生物样品分析平台、微阵列芯片平台、新一代测序平台、生物标志物平台、分子检测平台、生物信息平台，凭借高标准的技术平台和多样化的服务等竞争优势，公司向国内外企业和相关单位提供系统的生物学研究全面解决方案。上海伯豪为多达18家跨国制药企业（包括排名前10位的跨国制药企业）和超过3000家的国内科研机构、医院等提供基因表达谱、基因分型、比较基因组学、DNA甲基化、miRNA、生物标志物筛选及确认、生物信息等技术服务。公司拥有一支以上海为基础，辐射全国的强大市场营销队伍和销售网络，已设立华北、华南、华东三个大区十四个办事处，推广公司的主导技术服务、代理产品，快速提升公司品牌的知名度，扩大影响力。过去10年承接项目数超过15000个，用户单位3000家以上，协助客户发表SCI论文1400余篇（平均IF5），全面推动了中国基因组学服务产业的发展。公司的系统化技术平台和高质量的服务体系得到了广大客户青睐和合作伙伴的度评价和认可。公司通过了ISO 9001:2008质量体系认证，采用SOP（Standard Operation Procedure）规范操作文件来控制样本品质、检测品质和数据结果品质，目前已建立了SOP管理文件128个。公司于2012年获得诺华优秀服务供应商奖，公司是Affymetrix公司在中国第一家认证的服务提供商，是Illumina NGS认证服务供应商，还是Agilent公司和ABI公司在国内唯一认证的服务提供商，并先后被授予“Agilent公司亚太区最佳服务供应商”、“Affymetrix公司优秀服务商”称号。上海伯豪将持之以恒地利用高端的现代化仪器设备、多项成熟完善的技术平台、高素质的技术团队、国际水平的商业化服务流程、积极进取的经营理念，为广大客户提供持续、高效和稳定的技术支持和服务。
