在亚硫酸氢盐的处理下，没有甲基化的胞嘧啶（C）转化为尿嘧啶（U）；甲基化的胞嘧啶则不受影响。

3.Illumina Human 甲基化芯片的优势：
A. 覆盖全面；
B. 无需“甲基化DNA免疫共沉淀”，亚硫酸氢盐处理基因组DNA即可进行芯片实验；
C. Infinium探针设计，直接识别甲基化位点；
D. 高技术重复性；

E.PCR-Free

F. 适用FFPE样本。

4.芯片原理（探针设计）：

Illumina Human 甲基化450K芯片采用Illumina BeadArrayTM Infinium技术，特异性的识别甲基化位点。在甲基化450K芯片中，同时采用了Infinium Ⅰ 和Infinium Ⅱ 探针设计，从而使得检测范围最大化。

（1）Infinium Ⅰ 探针设计

对于每个甲基化位点，都对应设计有两种探针：M型磁珠、U型磁珠。M型磁珠尾部为G，用来检测甲基化位点。U型磁珠尾部为A，用来检测未甲基化位点。

基因组上的某一位点，如果被甲基化了，那么在亚硫酸氢盐的处理下，GC仍为GC，与M型磁珠配对，荧光标记的核苷酸掺入后能被检测到荧光信号。M型磁珠发光。反之，如果没有被甲基化，那么在亚硫酸氢盐的处理下，GC变为GT，与U型磁珠配对，延伸后U型磁珠发光。

（2）Infinium Ⅱ 探针设计

Infinium Ⅱ 探针只使用一种磁珠，探针末端为C。配对后只掺入单个碱基（ ddNTP-BioT， ddNTP-DNP）。根据荧光类型判断掺入的碱基类型，从而判断是否被甲基化。

Human甲基化芯片大多数探针都是Infinium Ⅱ 探针。

二、您需要给我们提供：

样品类型：

组织、细胞、基因组DNA

样品要求：

1. 样品纯度：OD 260/280值应在1.7～2.0 之间；RNA 应该去除干净；不得有其它个体或其它物种的DNA污染。
2. 样品浓度：浓度不低于55ng/μl；
3. 样品总量：每个样品总量不少于3μg 。
4．样品溶剂：溶解在TE中。
5. 样品运输： DNA低温运输（-20℃）；在运输过程中请用parafilm将管口密封好，以防出现污染。

三、我们能给您提供：

四、DNA甲基化芯片数据分析方案

1. 差异甲基化的筛选
Illumina 甲基化芯片，根据不同的情况选择不同的model进行计算：
Illumina Custom Model ，不受样本个数的限制；
Mann-Whitney Model，用于min(Nref,Ncond)<3，或者max(Nref,Ncond)<22；
Equal Variance T-Test Model，用于实验或对照组中至少有两个样本。

2. 非监督聚类

为了展示甲基化水平在样本中高低甲基化的分布，用甲基化水平的 值来做聚类图的展示。

列表示样本，行表示CpG位点，颜色代表甲基化水平 从0到1的变化（红色为低甲基化，蓝色为高甲基化）

3. 差异甲基化基因的功能分析

GO-Analysis对差异甲基化基因等按GO分类，并对分类结果进行基于离散分布的显著性分析、误判率分析、富集度分析，得出与实验目的有显著联系的、低误判率的、靶向性的基因功能分类，该分类即导致样本性状差异的最重要的功能差别。通过该分析有可能找到导致甲基化水平变化的重要功能，并且找到该功能所对应的基因。

4. 差异甲基化基因的pathway分析

信号通路（Pathway）是多个蛋白质间相互作用，共同调节细胞功能和代谢活动的过程。而信号通路分析是通过对差异基因按照Pathway的主要公共数据库KEGG和Biocarta来进行分类，对Pathway中的基因进行基于离散分布的显著性分析，得到与实验目的有显著联系的Pathway 分类,该分类即导致样本性状差异的最重要Pathway。

5. 转录因子预测分析

通过对差异甲基化区域转录因子的预测，得到调控甲基化的转录因子。

6. 甲基化的染色体分布图

甲基化在各个染色体的分布情况:

7. 甲基化芯片与表达谱芯片联合分析

甲基化芯片除了常规的散点、差异性分析、聚类、GO和Pathway等都可以做之外，在联合分析上可以画cross_plot来展示与mRNA层面的相关性，找到与甲基化负相关的mRNA。

图中横轴是甲基化，纵轴是表达谱，分别用delta-beta（diffscore）和foldchange来体现上下调，所以左上或者右下象限的是理论上的负相关的点。