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全基因组甲基化测序(WGBS)
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技术简介

全基因组甲基化测序(WGBS,Whole-genome bisulfite sequencing)结合了亚硫酸氢盐转化方法与新一代高通量测序技术,可在单碱基分辨率水平上高效地检测全基因组 DNA 甲基化状态。亚硫酸氢盐处理可以使 DNA 中未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不变,PCR 扩增所需片段,则尿嘧啶全部转化成胸腺嘧啶。对 PCR 产物进行高通量测序,与参考序列比对,即可判断 CpG/CHG/CHH 位点是否发生甲基化。

技术原理

技术原理

技术应用

适用任何有参考基因组物种的全基因组甲基化研究,是目前获得 CpG 位点信息最全的技术,特别适用于农林中的小基因组的物种的甲基化图谱挖掘,如拟南芥。

伯豪优势

建库质量高,失败率极低,每年五万例左右各种类型样本文库构建经验。

质控过程全程可溯,实时跟踪,反馈及时,确保数据真实可靠。

基础分析丰富,展示形式可个性化定制。

高级分析服务:专业的生物信息分析团队,熟悉各种分析算法和软件;根据客户的需求,提供多种个性化的实现方案。

样本要求

样品纯度:OD 260/280 值应在 1.8~2.0 之间;RNA 应去除干净;(物种不限)

样品浓度:低浓度不低于 50ng/μl;

样品总量:每个样品总量不少于 1μg;

样品溶剂:应溶解在 H20 或 TE (pH 8.0) 中;

样品运输:DNA 低温运输(-20℃);在运输过程中用 parafilm 将管口密封好,以防出现污染。

数据分析

全基因甲基化测序数据分析

案例展示

研究背景

在哺乳动物胚胎的早期发育中,甲基化是表观调节的重要内容。但是,在人类全基因组范围内,胚胎的早期甲基化动态调节模式由于技术的困难和材料的缺乏并没有充分的研究分析。

研究结果

研究结果

图 1 在人类胚胎早期发育中 DNA 甲基化的动态变化


本研究中,通过全基因组的亚硫酸氢盐测序技术,系统的描绘了从受精卵到胚胎植入后甲基化的变化。研究发现,在 2 细胞时期全基因组发生了去甲基化波动。这与之前在小鼠中的研究结果相反。而且,来自父本染色体上的基因去甲基化显著快于母本,到受精卵时期结束的时候父本的前核甲基化状态已经低于母本的前核。在早期胚胎发育的过程中,启动子区甲基化与基因表达的负相关性逐渐加强,在胚胎移植后到达峰值。此外,本研究还指出活跃的基因在胚胎移植前的整个过程都没有被甲基化。早期胚胎往往保持更高的甲基化残留,在转座子进化上更活跃。这些研究对于研究人类早期胚胎的甲基化提供了新的视角。

参考文献

Guo H, Zhu P, Yan L, et al. The DNA methylation landscape of human early embryos. Nature.2014.

机构简介

上海伯豪生物技术有限公司(以下简称“伯豪生物”)2008年12月成立,是一家以科技服务、疾病与健康检测、分子检测产品的开发和生产为主营业务的高新技术企业。公司形成了面向科研和临床的系统技术服务平台,提供全基因组测序、生物信息分析、标志物筛选和分子检测验证、基因功能验证科研一站式服务,同时提供试剂盒开发、生产以及检测应用的转化医学的临床一站式服务。伯豪生物携手各参控股子公司重庆伯豪医学检验所(临床医学检测专业子公司)、伯豪医药(医疗器械经营专业子公司)和迅伯生物(产品研发和GMP生产专业子公司)共同开启“专业服务成就科学发现,产业布局构筑精准医学”的新篇章。 公司于2011年12月6日获得高新技术企业认定。2012年3月获批浦东新区企业研发机构。公司拥有自主知识产权的发明专利、实用新型专利和应用于芯片、新一代测序等数据分析的软件著作权专利(其中发明专利6项,实用新型专利2项,软件著作权25项,正在申请专利7项)。目前,公司拥有六大服务平台:生物样品分析平台、微阵列芯片平台、新一代测序平台、生物标志物平台、分子检测平台、生物信息平台,凭借高标准的技术平台和多样化的服务等竞争优势,公司向国内外企业和相关单位提供系统的生物学研究全面解决方案。上海伯豪为多达18家跨国制药企业(包括排名前10位的跨国制药企业)和超过3000家的国内科研机构、医院等提供基因表达谱、基因分型、比较基因组学、DNA甲基化、miRNA、生物标志物筛选及确认、生物信息等技术服务。公司拥有一支以上海为基础,辐射全国的强大市场营销队伍和销售网络,已设立华北、华南、华东三个大区十四个办事处,推广公司的主导技术服务、代理产品,快速提升公司品牌的知名度,扩大影响力。过去10年承接项目数超过15000个,用户单位3000家以上,协助客户发表SCI论文1400余篇(平均IF5),全面推动了中国基因组学服务产业的发展。公司的系统化技术平台和高质量的服务体系得到了广大客户青睐和合作伙伴的度评价和认可。公司通过了ISO 9001:2008质量体系认证,采用SOP(Standard Operation Procedure)规范操作文件来控制样本品质、检测品质和数据结果品质,目前已建立了SOP管理文件128个。公司于2012年获得诺华优秀服务供应商奖,公司是Affymetrix公司在中国第一家认证的服务提供商,是Illumina NGS认证服务供应商,还是Agilent公司和ABI公司在国内唯一认证的服务提供商,并先后被授予“Agilent公司亚太区最佳服务供应商”、“Affymetrix公司优秀服务商”称号。上海伯豪将持之以恒地利用高端的现代化仪器设备、多项成熟完善的技术平台、高素质的技术团队、国际水平的商业化服务流程、积极进取的经营理念,为广大客户提供持续、高效和稳定的技术支持和服务。

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