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技术简介
近年来，在肿瘤早筛和发育生物学研究领域，科学工作者对于 DNA 甲基化研究的关注度持续高涨。目前 DNA 甲基化的研究，大多数情况下依然是借助于亚硫酸氢盐修饰，而该过程会引起 DNA 的大量损失。所以需要对该过程加以优化以满足 DNA 甲基化超微量研究的需求。伯豪生物通过大量的实验测试，优化了该过程， 现在已经具备为客户提供单细胞甲基化研究服务的能力。 结合单细胞的 RNA 测序（Smart-seq），可以从多个维度深入了解生物体发育和分化过程中基因表达的动态变化。
scWGBS 的技术优势
DNA 起始量要求低：超微量检测，仅需个位数的细胞量
生信分析：获取信息量大、可精细化分析
数据质量：mapping ratio，冗余度等接近正常 WGBS 数据。
scWGBS 实验流程
样本要求
物种：人，大小鼠，其他物种需评估
类型：细胞系、原代细胞、新鲜组织、冻存细胞
数据量：PE 150bp, 15G
保存运输：单细胞样本 0.2ml 低吸附管收集，液氮保存，干冰寄送（或联系当地销售寄送保护液）。
应用方向
肿瘤异质性：揭示癌细胞的甲基化图谱
细胞分化：绘制细胞分化调控表观图谱
免疫微环境：免疫细胞激化、分化等过程的表观调控机制
神经科学：神经细胞亚型分类、探究神经相关疾病的分子机制
数据分析展示
▲所有基因不同功能区域的甲基化程度走势分析
▲DNA 甲基化与 mRNA 表达的联合分析
▲圈图展示差异甲基化位点在不同染色体上的分布
案例解析
题目：人原始生殖细胞的转录组和 DNA 甲基化谱
发表杂志：Cell
影响因子：31.398
发表单位：北京大学第三医院
文章摘要：生殖细胞对于将遗传信息从一代传递到下一代以及维持物种的延续至关重要。在这里，作者在单细胞和单碱基分辨率下分析了人类原始生殖细胞（PGCs）从迁移阶段到性腺阶段的转录组。人 PGC 显示独特的转录模式，涉及多能性基因和种系特异性基因的同时表达，其中一部分显示发育阶段特异性特征。此外，还同时分析了人类 PGCs 的 DNA 甲基化组，并发现其基因组的整体去甲基化。妊娠后大约 10 至 11 周，PGC 几乎没有任何 DNA 甲基化发生，男性和女性 PGC 中平均甲基化水平仅分别为 7.8% 和 6.0%。该工作为破译生殖系复杂的表观遗传重编程奠定了基础，旨在揭示受精卵母细胞的全能性。
▲人类 PGCs 显示出整体的低甲基化模式
▲PGC 的甲基化程度有明显的降低，同时 gene body 区的甲基化程度会轻微高于两侧的基因区间。
▲不同功能区域在不同时期的甲基化程度变化很大
原文出处：Guo F, Yan L, Guo H, et al. The transcriptome and DNA methylome landscapes of human primordial germ cells[J]. Cell, 2015, 161(6): 1437-1452.
上海伯豪生物技术有限公司（以下简称“伯豪生物”）2008年12月成立，是一家以科技服务、疾病与健康检测、分子检测产品的开发和生产为主营业务的高新技术企业。公司形成了面向科研和临床的系统技术服务平台，提供全基因组测序、生物信息分析、标志物筛选和分子检测验证、基因功能验证科研一站式服务，同时提供试剂盒开发、生产以及检测应用的转化医学的临床一站式服务。伯豪生物携手各参控股子公司重庆伯豪医学检验所(临床医学检测专业子公司）、伯豪医药（医疗器械经营专业子公司）和迅伯生物（产品研发和GMP生产专业子公司）共同开启“专业服务成就科学发现，产业布局构筑精准医学”的新篇章。 公司于2011年12月6日获得高新技术企业认定。2012年3月获批浦东新区企业研发机构。公司拥有自主知识产权的发明专利、实用新型专利和应用于芯片、新一代测序等数据分析的软件著作权专利（其中发明专利6项，实用新型专利2项，软件著作权25项，正在申请专利7项）。目前，公司拥有六大服务平台：生物样品分析平台、微阵列芯片平台、新一代测序平台、生物标志物平台、分子检测平台、生物信息平台，凭借高标准的技术平台和多样化的服务等竞争优势，公司向国内外企业和相关单位提供系统的生物学研究全面解决方案。上海伯豪为多达18家跨国制药企业（包括排名前10位的跨国制药企业）和超过3000家的国内科研机构、医院等提供基因表达谱、基因分型、比较基因组学、DNA甲基化、miRNA、生物标志物筛选及确认、生物信息等技术服务。公司拥有一支以上海为基础，辐射全国的强大市场营销队伍和销售网络，已设立华北、华南、华东三个大区十四个办事处，推广公司的主导技术服务、代理产品，快速提升公司品牌的知名度，扩大影响力。过去10年承接项目数超过15000个，用户单位3000家以上，协助客户发表SCI论文1400余篇（平均IF5），全面推动了中国基因组学服务产业的发展。公司的系统化技术平台和高质量的服务体系得到了广大客户青睐和合作伙伴的度评价和认可。公司通过了ISO 9001:2008质量体系认证，采用SOP（Standard Operation Procedure）规范操作文件来控制样本品质、检测品质和数据结果品质，目前已建立了SOP管理文件128个。公司于2012年获得诺华优秀服务供应商奖，公司是Affymetrix公司在中国第一家认证的服务提供商，是Illumina NGS认证服务供应商，还是Agilent公司和ABI公司在国内唯一认证的服务提供商，并先后被授予“Agilent公司亚太区最佳服务供应商”、“Affymetrix公司优秀服务商”称号。上海伯豪将持之以恒地利用高端的现代化仪器设备、多项成熟完善的技术平台、高素质的技术团队、国际水平的商业化服务流程、积极进取的经营理念，为广大客户提供持续、高效和稳定的技术支持和服务。
