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技术简介
环状 RNA（circular RNA，circRNA）是在转录过程中，通过可变剪接形成的一类首尾相接的环状 RNA 分子。高等动物中 circRNA 的种类和含量远远超过预期。circRNA 测序能够快检测样本中 circRNA 的种类并进行表达定量，结合生物信息学挖掘手段，研究 circRNA 的功能和调控机制。
仪器平台
Illumina Hiseq X-10
技术应用
circRNA 可以作为“microRNA 海绵”，即竞争性内源 RNA（competing endogenous RNA，ceRNA），结合胞内 miRNA，阻断 miRNA 对其靶基因的抑制作用。circRNA 也可与蛋白形成复合体调节下游的靶基因。另外，circRNA 的表达呈现出很强的组织特异性，也暗示 circRNA 具有重要的生物学功能。
伯豪优势
样本处理：丰富的 RNA 抽提经验；易降解样本、微量样本的抽提解决方案；
文库构建：高效的 rRNA 去除和线性 RNA 消化；
质控管理：ISO9001 认证，Illumina CSPro 认证；
数据分析：针对 circRNA 剪接位点定量和差异分析的权威算法；全面的分析内容；灵活 的定制分析；
项目成果：协助客户在 Genome Biology,EMBO Research 等顶刊上发表文章。
样本要求
样本类型：total RNA
样本总量：>=5 μg
样本浓度：>=50 ng/ul
推荐数据量：>=12 Gb/ 样本
分析流程
案例解析
案例一
FLI1 是 ETS 转录因子蛋白家族成员，是血液恶性肿瘤的驱动基因，能够促进多种实体瘤的生长。CircRNAs, 作为一类新的非编码 RNA，主要由外显子或内含子背面剪接或套索内含子产生。研究人员利用由 Crispr/dCas9 介导的免疫共沉淀方法（CasIP），对 FLI1 启动子染色质复合物进行了研究，通过高通量测序，研究人员确定了 FLI1 外显子环状 RNA FECR1 的存在，进一步的研究表明 FECR1 是由 FLI1 外显子 4 和外显子 2 之间反向剪接形成的。值得注意的是，FECR1 与 FLI1 启动子顺式结合并募集 DNA 去甲基化酶 TET1 复合物。在乳腺癌中，FECR1 作为正反馈调节剂起作用，通过协调 DNA 甲基化来激活 FLI1，促进癌细胞发生转移。
原文出处：Naifei Chen, Gang Zhao, Xu Yan, et al. A novel FLI1 exonic circular RNA promotes metastasis in breast cancer by coordinately regulating TET1 and DNMT1. Genome Bio. (2018) 19:218
案例二
CircRNA 是一类具有闭合环形结构的非编码 RNA，是现阶段转录组学研究的新星。本研究从 circRNA 的角度出发，深入阐述了一个 circRNA 在膀胱癌中的作用机制。研究人员对 3 对配对癌组织和正常膀胱组织进行了 circRNA 特异性的高通量测序，进一步的分析和大样本鉴定表明，circHIPK3 在 79.5% 的膀胱癌组织中特异性降低，并与淋巴结转移相关。通过 miRanda，PITA 和 RNAhybrid 预测，发现有 12 个 miRNA 能与之结合。Pull down 实验表明，miR-558 能在 T24T 和 UMUC3 中与 circHIPK3 结合。CrcHIPK3 则通过吸附 miR-558，调控 HPSE 的转录来影响细胞的迁移，侵袭和血管生成。
原文出处：Yawei Li, Fuxin Zheng, Xingyuan Xiao, et al. The RNA binding protein quaking regulates formation of circRNAs. EMBO Rep. 2017 Sep;18(9):1646-1659.
服务流程
实验设计——样本取材——RNA 抽提——rRNA 去除——线性 RNA 消化——文库构建——测序——数据分析
上海伯豪生物技术有限公司（以下简称“伯豪生物”）2008年12月成立，是一家以科技服务、疾病与健康检测、分子检测产品的开发和生产为主营业务的高新技术企业。公司形成了面向科研和临床的系统技术服务平台，提供全基因组测序、生物信息分析、标志物筛选和分子检测验证、基因功能验证科研一站式服务，同时提供试剂盒开发、生产以及检测应用的转化医学的临床一站式服务。伯豪生物携手各参控股子公司重庆伯豪医学检验所(临床医学检测专业子公司）、伯豪医药（医疗器械经营专业子公司）和迅伯生物（产品研发和GMP生产专业子公司）共同开启“专业服务成就科学发现，产业布局构筑精准医学”的新篇章。 公司于2011年12月6日获得高新技术企业认定。2012年3月获批浦东新区企业研发机构。公司拥有自主知识产权的发明专利、实用新型专利和应用于芯片、新一代测序等数据分析的软件著作权专利（其中发明专利6项，实用新型专利2项，软件著作权25项，正在申请专利7项）。目前，公司拥有六大服务平台：生物样品分析平台、微阵列芯片平台、新一代测序平台、生物标志物平台、分子检测平台、生物信息平台，凭借高标准的技术平台和多样化的服务等竞争优势，公司向国内外企业和相关单位提供系统的生物学研究全面解决方案。上海伯豪为多达18家跨国制药企业（包括排名前10位的跨国制药企业）和超过3000家的国内科研机构、医院等提供基因表达谱、基因分型、比较基因组学、DNA甲基化、miRNA、生物标志物筛选及确认、生物信息等技术服务。公司拥有一支以上海为基础，辐射全国的强大市场营销队伍和销售网络，已设立华北、华南、华东三个大区十四个办事处，推广公司的主导技术服务、代理产品，快速提升公司品牌的知名度，扩大影响力。过去10年承接项目数超过15000个，用户单位3000家以上，协助客户发表SCI论文1400余篇（平均IF5），全面推动了中国基因组学服务产业的发展。公司的系统化技术平台和高质量的服务体系得到了广大客户青睐和合作伙伴的度评价和认可。公司通过了ISO 9001:2008质量体系认证，采用SOP（Standard Operation Procedure）规范操作文件来控制样本品质、检测品质和数据结果品质，目前已建立了SOP管理文件128个。公司于2012年获得诺华优秀服务供应商奖，公司是Affymetrix公司在中国第一家认证的服务提供商，是Illumina NGS认证服务供应商，还是Agilent公司和ABI公司在国内唯一认证的服务提供商，并先后被授予“Agilent公司亚太区最佳服务供应商”、“Affymetrix公司优秀服务商”称号。上海伯豪将持之以恒地利用高端的现代化仪器设备、多项成熟完善的技术平台、高素质的技术团队、国际水平的商业化服务流程、积极进取的经营理念，为广大客户提供持续、高效和稳定的技术支持和服务。
