上海交通大学分析测试中心成立于1983年，1999年成为学校直属单位。经过“211”“985”和“双一流”等的连续投入，中心在仪器设备、人才梯队、实验室建设等方面取得了长足的进步。目前分析测试中心下设五个仪器平台(电镜-影像中心，表面与性能分析平台，光谱、波谱、质谱平台，元素分析平台和冷冻电镜中心），三个技术中心(新药创制技术中心、生物医学影像技术中心和模式动物技术中心)，实验动物中心、张江分平台和P2实验室。现有设备总资产6.74亿，开放共享设备近200台，包括300kV冷冻电镜、700M液体核磁、飞行时间二次离子质谱仪等；教职员工139人，其中测试技术人员硕博士占比100%，高级职称22人；分析检测实验室面积12600平方米，另有实验动物大楼15000平方米，张江分平台1300平方米，P2实验室面积1200平方米。 分析测试中心按照检验检测机构资质认定（CMA）要求进行管理，2001年首次获得CMA证书，经多次扩项和复评审，现可从事显微结构分析，有机、无机成分与结构分析，材料的结晶、热学、力学性能和药物定性、定量分析，生物大分子结晶、构象、基因测序、蛋白组学和代谢组学分析，以及常规的水质检测、食品检测、转基因成分检测、环境污染物分析等，并可以出具权威检测报告。2016年顺利通过全国分析检测人员能力培训委员会（NTC）对培训机构和考核基地的评审，可以对仪器分析人员进行培训和考核，并发放NTC资格证书。