转化医学国家重大科技基础设施（上海）项目是“十二五”期间国家重点规划的16项重大科技基础设施之一，2013年7月由国家发展改革委批准立项，2016年9月正式启动建设，2019年建成并投入试运行，2023年正式通过国家验收。项目由教育部、上海市人民政府主管，上海交通大学作为项目法人，上海交通大学医学院附属瑞金医院共建。 设施围绕资源信息、技术支撑和临床转化三大系统，建设标准化临床生物样本库、临床资源深度分析和挖掘、生物标记物与新药研发、诊断试剂与仪器开发、分子病理与影像技术研究、转化医学病房等六大分系统；分布于瑞金医院转化医学大楼、闵行校区转化医学大楼，总建筑面积11.4万平方米。设施现有设备总资产逾9亿，开放共享设备120余台/套，其中包括不同通量的二、三代测序技术体系（Novaseq6000、MGISEQ2000、PromethION、10XGenomics等），可开展代谢组学、蛋白组学、质谱成像等项目的质谱分析检测系统（Triple TOF 6600+、QTRAP 6500timsTOF Pro、QE-HFX、Orbitrap Eclipse等），拥有多种标靶特异母核多样性的小分子库/化合物库、可满足高通量筛选和高内涵筛选需求的自动化工作站（explorer G3、Echo 650），可获得活体组织高维度结构图像的成像系统（Leica LMD7、LSM980、Cypher VRS1250等），初步建成超灵敏磁共振创新和医学应用平台（AVANCE NEO 800WB、400DNP）；同时可为多维度临床信息与多层次组学数据提供高性能计算服务、常规生信分析服务、以及特色整合分析服务，设施同时可开展生物医学诊断试剂研发和诊疗仪器精密制造加工、快速检测服务(金属/非金属3D打印、五轴加工、激光精密加工机床等）。 设施形成了大型设备规模化、核心功能集成化、技术能力系统化的设施技术系统，可实现从基础研究到临床应用研究上下游结合的转化医学研究完整技术链。