上海医药工业研究院有限公司科研机构设置及其科研方向涵盖了整个药学领域，可进行化学合成药物、微生物与生化药物、中药和中药现代化制剂、药物新型制剂的研究开发以及有关重大品种生产工艺的技术创新。近年来，国家食品药品监督管理局等部委在我院相继设立了国家药品包装材料检测中心、国家医药工业信息中心、药物制剂国家工程研究中心、国家（上海）新药安全评价研究中心4个国家级中心，已具备与国际接轨的科研设施、科研水平。是中国医药工业科研人才的重要聚集地和输出源，现有中国工程院院士2人，享受国务院特殊津贴专家65人，新药评审专家12人，系药学一级学科博士学位授予权单位，拥有药学领域所有学科的博士培养资格，自2000年2月起，与上海交通大学共建“上海交通大学药学院”。