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技术简介
MeDIP-Seq（Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing），即甲基化 DNA 免疫共沉淀测序。先用 5′- 甲基胞嘧啶抗体富集胞嘧啶甲基化的基因组片断，然后对富集的片段进行高通量测序。该方法检测范围覆盖全基因组，所需测序数据量较少，但不能在单碱基分辨率水平上检测 DNA 胞嘧啶甲基化状态。
技术原理
伯豪优势
建库质量高，失败率极低，每年五万例左右各种类型样本文库构建经验。
质控过程全程可溯，实时跟踪，反馈及时，确保数据真实可靠。
基础分析丰富，展示形式可个性化定制。
高级分析服务：专业的生物信息分析团队，熟悉各种分析算法和软件；根据客户的需求，提供多种个性化的实现方案。
样本要求
样品要求（基因组 DNA）
样品纯度：OD 260/280 值应在 1.8～2.0 之间；RNA 应去除干净。
样品浓度：最低浓度不低于 50ng/ul。
样品总量：每个样品总量不少于 1ug。
样品溶剂：溶解在 H20 或 TE (pH 8.0) 中。
样品运输：DNA 低温运输（-20℃）；且在运输过程中请用 parafilm 将管口密封好，以防出现污染。
数据分析
案例展示
案例一：18β- 甘草次酸通过甲基化调控 TLR2 信号通路抑制线粒体能量代谢和胃癌发生。
研究背景
胃癌是最常见的恶性肿瘤之一，来自国际癌症控制联盟（UICC) 的统计数据显示，2012 年全球发生了 95.1 万例新病例和 72.3 万例胃癌死亡，占所有恶性肿瘤的发生率和死亡率的第 4 位和第 3 位。中国癌症登记报告显示，2013 年胃癌新发病例约 42.7 万例，死亡 301 万例，估计 2015 年胃癌发病率和死亡率仅次于肺癌。胃癌已成为严重的公共卫生问题；因此，以降低胃癌的发生率的胃癌的早期干预和化学预防治疗探讨势在必行。18β- 甘草次酸（GRA）是存在于甘草根部的一种天然酚类物质。已有过相关报道，GRA 具有抗炎、抗肿瘤等药理作用。虽然各种基因和通路，如典型的 Wnt PGE2-EP2，活性氧（ROS) / PKC-α/ ERK 途径，都被证明是 GRA 潜在靶点，但由 GRA 调控的分子机制还未被了解透彻。
研究思路
研究结果
通过分析胃癌小鼠模型 GRA 治疗前后的整个转录组基因表达的变化，并与甲基化的变化进行关联。最后发现 GRA 预处理可下调 TLR2 信号通路，TLR2 的过表达会促进线粒体能量代谢，ROS 生成、GC 细胞增殖和胃癌发生，证明 GRA 是一种有前途的胃癌预处理和治疗药物。
参考文献
Cao D, Wu Y, Jia Z, et al. 18β-glycyrrhetinic acid inhibited mitochondrial energy metabolism and gastric carcinogenesis through methylation regulated TLR2 signaling pathway[J]. Carcinogenesis.
案例二：伯豪客户发现高盐饮食可通过调控甲基化促进系统性红斑狼疮的进程
研究背景
系统性红斑狼疮（SLE) 是一种多系统的自身免疫性疾病，主要影响女性（男女比例为 9 比 1)。SLE 的特征是患者的循环血液中存在多种自身抗体，以及自身反应性 T 淋巴细胞和 B 淋巴细胞。虽然 SLE 的直接病因尚未明确，但许多因素被认为是导致 SLE 免疫失调的原因，包括遗传易感性、激素和环境因素。系统性红斑狼疮的发生是由于遗传易感性的个体遇到某些可变的环境诱因，可能包括饮食、毒素、运动等。最近发现，通过诱导致病性 Th17 细胞，增加盐（氯化钠，NaCl) 的摄取可促进实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE)。NaCl 的这种作用是通过激活 MAPK/p30 通路实现。先前的研究表明，过量的 NaCl 摄取会影响先天免疫系统，主要导致巨噬细胞活化状态的改变，甚至可能影响调节性 T 细胞的抑制能力。因此，本研究的目的之一是研究 NaCl 是否也影响其他免疫细胞，并促进 SLE 的发展。
研究思路
研究结果
高盐饮食加速了狼疮易发（MRL/lpr) 小鼠的狼疮样症状。然而，高盐饮食对 Balb/ c 和 MRL/mpj 小鼠的影响并不明显。NaCl 处理的 CD4+ T 细胞表现出 DNA 低甲基化和 DNA 羟甲基化增加，这可能与羟转移酶 TET2 和 TET3 水平升高有关。加入 NaCl 后，TET2 在 spn 和 stat5b 上富集。沉默 TET2 可降低 spn 基因表达，抑制 Tfh 细胞分化。我们的研究首次阐明了 NaCl 在免疫紊乱中的重要性，并揭示了表观遗传学在潜在机制中的作用。
参考文献
Wu H , Huang X , Qiu H , et al. High salt promotes autoimmunity by TET2-induced DNA demethylation and driving the differentiation of Tfh cells[J]. Scientific Reports, 2016, 6:28065.
上海伯豪生物技术有限公司（以下简称“伯豪生物”）2008年12月成立，是一家以科技服务、疾病与健康检测、分子检测产品的开发和生产为主营业务的高新技术企业。公司形成了面向科研和临床的系统技术服务平台，提供全基因组测序、生物信息分析、标志物筛选和分子检测验证、基因功能验证科研一站式服务，同时提供试剂盒开发、生产以及检测应用的转化医学的临床一站式服务。伯豪生物携手各参控股子公司重庆伯豪医学检验所(临床医学检测专业子公司）、伯豪医药（医疗器械经营专业子公司）和迅伯生物（产品研发和GMP生产专业子公司）共同开启“专业服务成就科学发现，产业布局构筑精准医学”的新篇章。 公司于2011年12月6日获得高新技术企业认定。2012年3月获批浦东新区企业研发机构。公司拥有自主知识产权的发明专利、实用新型专利和应用于芯片、新一代测序等数据分析的软件著作权专利（其中发明专利6项，实用新型专利2项，软件著作权25项，正在申请专利7项）。目前，公司拥有六大服务平台：生物样品分析平台、微阵列芯片平台、新一代测序平台、生物标志物平台、分子检测平台、生物信息平台，凭借高标准的技术平台和多样化的服务等竞争优势，公司向国内外企业和相关单位提供系统的生物学研究全面解决方案。上海伯豪为多达18家跨国制药企业（包括排名前10位的跨国制药企业）和超过3000家的国内科研机构、医院等提供基因表达谱、基因分型、比较基因组学、DNA甲基化、miRNA、生物标志物筛选及确认、生物信息等技术服务。公司拥有一支以上海为基础，辐射全国的强大市场营销队伍和销售网络，已设立华北、华南、华东三个大区十四个办事处，推广公司的主导技术服务、代理产品，快速提升公司品牌的知名度，扩大影响力。过去10年承接项目数超过15000个，用户单位3000家以上，协助客户发表SCI论文1400余篇（平均IF5），全面推动了中国基因组学服务产业的发展。公司的系统化技术平台和高质量的服务体系得到了广大客户青睐和合作伙伴的度评价和认可。公司通过了ISO 9001:2008质量体系认证，采用SOP（Standard Operation Procedure）规范操作文件来控制样本品质、检测品质和数据结果品质，目前已建立了SOP管理文件128个。公司于2012年获得诺华优秀服务供应商奖，公司是Affymetrix公司在中国第一家认证的服务提供商，是Illumina NGS认证服务供应商，还是Agilent公司和ABI公司在国内唯一认证的服务提供商，并先后被授予“Agilent公司亚太区最佳服务供应商”、“Affymetrix公司优秀服务商”称号。上海伯豪将持之以恒地利用高端的现代化仪器设备、多项成熟完善的技术平台、高素质的技术团队、国际水平的商业化服务流程、积极进取的经营理念，为广大客户提供持续、高效和稳定的技术支持和服务。
