纳米技术及应用国家工程研究中心依托由上海交通大学、复旦大学、华东师范大学、中科院上海微系统与信息技术研究所、中科院上海硅酸盐研究所、上海医药工业研究院、上海紫竹创业投资有限公司、上海宝武集团公司、上海科技投资公司和上海市纳米科技与产业发展促进中心等十家发起单位共同出资组建而成的“上海纳米技术及应用国家工程研究中心有限公司”进行管理。 中心始终把党中央提出的“加速建设创新型国家”为自己的历史使命，自觉把党中央给上海制定的、要把上海建设成为“具有全球影响力的科创中心”这一战略目标为自己的光荣责任，并以“诚信、责任、拼搏、创新”的文化精神为发展的内驱力，不断集聚股东单位和社会优势资源，坚持以国家战略和市场需求为导向，以设在中心的“纳米技术与产业国际科技合作基地”、“纳米科学技术分会纳米生物与医药技术专业委员会”、“纳米生物医药产业技术创新战略联盟”和“全国纳米技术标准化技术委员会上海纳米技术工作组”，以及中心与在纳米技术领域具有优势的高校、研究所、医院和企业建立的联合研究中心、联合实验室和产业化基地为支撑，立足于纳米技术研发与工程化应用，致力于纳米技术在环境治理、功能材料、生物医药、清洁能源、表面信息等领域的应用；通过自主研发、产学研医用联合、引进吸收等多种模式，研发产业技术进步和结构调整所急需的关键共性技术，推进科研成果孵化、转化及产业化，搭建产业与科研之间的“桥梁”，努力为推进我国纳米科技与产业的健康快速发展奠定坚实的基础。