上海市农业科学院经过60多年的建设，已发展成为一所学科较齐全、设备较先进、成果转化能力较强，为上海和全国农业发展提供科技支撑的地方综合性农业科研机构。 全院下设10个研究机构，1个综合服务中心、1个综合试验站和1家科立特农科（集团）有限公司。形成了粮油作物种质创新与推广应用、果树花卉种质创新与高效栽培、园艺作物新品种选育与高效栽培、食用菌种质创制与产业化技术、畜禽健康养殖与疫病防控、生态农业与植物有害生物防控、都市农业理论与数字农业技术、生物高效育种技术创新与应用、农产品质量安全与保鲜加工技术、农业种质资源保存评价与创新利用等学科（领域）。 全院共拥有各类国际联合科技创新平台12个、国家级平台16个、部（市）级平台40个，其中2022年新增6个农业农村部学科群重点实验室和3个部省共建重点实验室，实现了我院在种业创新、智慧农业、绿色低碳、农产品质量安全与营养健康等重点学科领域的科技平台布局。 全院现有在编职工839人，其中专业技术人员783名，高级专业技术职务407名（正高140名、副高267名），享受国务院政府津贴专家61名，拥有国家食用菌产业体系首席1名，承担油菜、大宗蔬菜、葡萄、水禽、肉鸡、玉米、淡水鱼等7个国家产业体系试验站工作，拥有国家产业体系岗位科学家8名，牵头承担上海市绿叶蔬菜、水稻、食用菌、花卉、肉鸽等5个产业体系。硕、博士711名，35岁以下青年占到科技人员总数的30%以上，基本形成了以中青年人才为主，老中青相结合的人才梯队。 党的十八大以来，市农科院在农业科技创新中坚持需求导向、问题导向、效果导向，通过优化学科体系、强化平台建设、加快成果转移转化应用、创新服务模式、提升院所管理水平等措施，努力提升科技竞争力和影响力，取得良好科研业绩。近十年全院共承担各类科研项目1800余项，项目经费达13亿元，251个新品种通过国家和省市级农作物品种审定委员会审（认）定，获发明专利授权306件，获实用新型专利227件，发表论文2800余篇。全院共主持获市级及以上科技奖59项，包括国家科技进步奖2项，其中“水稻遗传资源的创制保护和研究利用”获国家科技进步一等奖；神农中华农业科技奖8项，其中一等奖1项；全国农牧渔业丰收奖一等奖1项；上海市奖43项，其中一等奖10项；上海市国际科技合作奖1项。